En junio de 1503, maese Rodrigo de Santaella compra un solar junto al Postigo de Jerez, para construir en ese lugar el Colegio de Santa María de Jesús. Un año antes de esta circunstancia, los Reyes Católicos habían otorgado una real cédula autorizando la creación de Estudios Generales en Sevilla, a petición del Concejo de la ciudad. La bula fundacional de este Colegio-Universidad no llegará hasta el 12 de julio de 1505, de manos del papa Julio II y un año más tarde la capilla del Colegio fue bendecida. En ella se levantaría un magnífico retablo, encargado por Maese Rodrigo al pintor alemán Alexo Fernández para conmemorar la fundación del Colegio Universidad. Ante la creación del Colegio de Santo Tomás en 1516, por las gestiones de Fray Diego de Deza, el de Santa María de Jesús solicita al Ayuntamiento que le ceda los derechos que poseía desde 1502 para crear una Universidad, lo que sucede en 1551.
A una fase de precariedad seguiría, ya entrado el siglo XVIII, la llegada a España de la dinastía Borbón. Fue precisamente el deseo de mejorar los sistemas de enseñanza lo que indujo al deseo de desvincular el Colegio de Santa María de Jesús de su Universidad. El plan de estudios propuesto por el asistente Pablo de Olavide implicó la aplicación del espíritu de la Ilustración en la Institución Universitaria. Fue aprobado en mayo de 1768 y fue incluido en una real cédula en el año 1769, en la que se le encargaba llevar a la práctica su reforma.
Dos años antes habían sido expulsados los jesuitas de España, mediante la ley del 2 de abril de 1767, conocida como la Pragmática Sanción y expedida por el rey Carlos III. En ella se había ordenado la expropiación del inmenso y valiosísimo patrimonio jesuítico. La reforma de Olavide llevó a ocupar edificios que habían pertenecido a la orden jesuítica. Con ello no sólo se trataba de cubrir el vacío dejado en la enseñanza por la expulsión de esta orden, sino también se favorecía la desvinculación de la Universidad de su Colegio, al disponerse de nuevos edificios.
La unión administrativa del Colegio Mayor de Santa María de Jesús y su Universidad se mantuvo hasta la creación de la Universidad Literaria en diciembre de 1770, aunque las dos instituciones convivieron juntas durante un año en el mismo edificio de la Puerta de Jerez. Con su separación, todo el patrimonio, incluido el de carácter artístico, se quedó en manos del Colegio. A cambio, la Universidad adquiría el derecho al disfrute de algunas rentas, no sólo del Colegio Mayor, sino también las de la Casa Profesa de los jesuitas, y la de las cátedras vacantes de San Hermenegildo.
En 1836, a raíz de la desamortización, las rentas y bienes del Colegio Santa María de Jesús se adjudicarán por el Estado a la Universidad y al poco tiempo el edificio del Colegio en la Puerta de Jerez pasará a ser Seminario, dependiendo del Arzobispado Hispalense.
El traslado a la nueva sede universitaria se produjo el 21 de diciembre de 1771. El edificio concedido, aunque no completo, fue el que hasta entonces había ocupado la Casa Profesa de la Compañía de Jesús, localizado en la calle Compañía, actual Laraña. Llevaba también anejo un colegio para becarios. Fue cedido con parte de sus bienes, entre ellos estaba incluida una riquísima biblioteca, un gabinete-museo y una parte del espléndido patrimonio artístico que albergaban sus muros.
Esta cesión llevaba implícita, además, el edificio de su iglesia, llamada entonces Iglesia de la Encarnación, hoy de la Anunciación, y que pasó a ser, a partir de esos momentos, el lugar elegido para la celebración de los actos solemnes de tipo académico.
A mediados del siglo XX el edificio de la antigua Casa Profesa se había quedado pequeño como sede universitaria. Fue entonces cuando se concede a la Universidad el emblemático edificio de la Real Fábrica de Tabacos, que se inaugura oficialmente el 4 de abril de 1951, como sede del Rectorado. En estos momentos se realiza un programa escultórico para tres de sus portadas, que estaban desnudas de ornamentación, en las que intervienen los profesores Carmen Jiménez, Antonio Cano, José Luis Vasallo y el arquitecto Balbontín.