Gran humanista, nacido en Fregenal de la Sierra (Badajoz) en 1527, que abarcó distintas ramas del saber cómo la filología, teología, matemáticas, medicina, biología, ciencias físicas y la poesía, aunque su labor más destacada la desarrolló como hebraísta y exegeta de la Biblia.
De familia hidalga de cristianos viejos, a los diecinueve años se matriculó en Humanidades en el Colegio santa María de Jesús, teniendo como maestro al ilustre Pedro Mexías, llegando a formar parte de su círculo intelectual. En Sevilla lee las obras de Erasmo, cuya influencia se dejará notar en gran medida en su producción literaria. En 1548 se traslada a la Universidad de Alcalá de Henares, donde profundizará en los conocimientos adquiridos en Sevilla, destacando como teólogo y experto en filología clásica y semítica. Terminados sus estudios académicos se retiró a la Peña de Alájar para estudiar a fondo la Biblia. En 1560, consigue entrar en la Orden de Santiago como eclesiástico.
En 1562, el obispo de Segovia, Martín Pérez de Ayala, lo incluye entre los teólogos de la delegación española que participará en el Concilio de Trento. Su aptitud y valía hicieron que en 1566 fuese nombrado capellán personal de Felipe II.
En 1568, el rey le encomienda la tarea de ser el supervisor real y editor de los trabajos de mejora de la Biblia Políglota Complutense, financiada por el cardenal Cisneros y sancionada por León X en 1520, proyecto que se estaban llevando a cabo en Amberes, donde conecta con los impulsores esta nueva revisión, el impresor Christophe Plantin (Plantino) y el hebraísta Andreas Mazius (Maes). Allí permanecerá hasta 1572, dando como resultado la llamada Biblia Regia o la Biblia de Amberes. La participación de Benito Arias Montano en la redacción y supervisión de ésta tuvieron unas consecuencias inesperadas para él, ya que fue cuestionado en los círculos humanistas y teológicos de España, lo que le llevó a ser requerido por la Inquisición española.
El encargado de arremeter contra la presunta heterodoxia de la Biblia Regia fue el teólogo español y Catedrático de latín y griego de la Universidad de Salamanca, León de Castro, el cual pensaba que la Nueva Biblia no defendía con suficiente autoridad la Biblia Vulgata de san Jerónimo. Por ello, acudió al rey en el año 1574 y ante la falta de apoyo de Felipe II lo elevó al Tribunal de la Santa Inquisición. Éste adoptó la postura de acatar la decisión que se tomase desde Roma. El extremeño tuvo que acudir a la ciudad imperial, en 1575, a defender la verdad e integridad del texto hebreo de la Biblia Regia. Finalmente, el papa Gregorio XIII, dejó que la decisión final sobre el asunto la tomasen los teólogos españoles. De esta manera, la cuestión llegó en 1577 al censor jefe de la Inquisición, el padre Mariana, que, tras dos años de estudio, dictaminó que salvo en pequeños errores, que atribuyeron a la inclusión de Mazius en el consejo editorial, no se vulneraron los principios doctrinales ni canónicos del cristianismo.
Cuando vuelve a España, va a continuar prestando servicios para la corona, como consejero en asuntos políticos relacionados con Flandes y Portugal o proyectos de cierta envergadura, sobresaliendo la gestión y organización de la biblioteca escurialense en 1577. En 1592, renunciará a todos sus cargos, retirándose a Sevilla, donde fue prior del templo de Santiago de la Espada. Fallece en nuestra ciudad en 1598.
La fidelidad de su discípulo y amigo, Pedro de Valencia, le llevó a acudir en defensa de su mentor, ya fallecido, por las continuas impugnaciones de heterodoxia de los defensores a ultranza de la pureza doctrinal. Es el caso del jesuita Juan de Pineda, censor de la Inquisición, que en el Index de 1607 prohibió toda su obra, consiguiendo, Valencia, que en el Index de 1612 se volviesen a incluir, aunque manteniendo reservas, haciendo así posible el conocimiento de su prolífica obra y quedando restituido su buena reputación.
Su pensamiento político se encuentra dispersos por toda su obra, pero destaca su comentario al Libro de los jueces “De Varia Republica, sive commentaria in librum Iudicum”. Editado en Amberes en 1592. Donde habla sobre cuáles son las mejores formas de gobierno. Para él cualquier forma de gobierno es aceptable siempre que se ajuste a las normas bíblicas de la legislación deuteronomista, pero muestra su preferencia por la Monarquía y la figura de un rey que se acerque a la figura de Josué como modelo. Así mismo, habla sobre el regicidio o sobre la provisión de los cargos públicos, entre otras cuestiones.
Para finalizar, cabe destacar que fue en excelente poeta en la línea de los autores latinos clásicos, sobre todo de la figura de Horacio, al que tratará de emular.